დეპარტამენტის სტრუქტურული ერთეულებია:
საორგანიზაციო სამმართველო;
საფინანსო-სამეურნეო უზრუნველყოფის სამმართველო;
სამორიგეო-საინფორმაციო სამმართველო;
ერთიანი მომსახურების ცენტრი (სამმართველო);
საზღვრის მართვისა და კოორდინირების მთავარი სამმართველო;
მონიტორინგის სამმართველო;
ქ. თბილისის მთავარი სამმართველო;
მცხეთა-მთიანეთის მთავარი სამმართველო;
ქვემო ქართლის მთავარი სამმართველო;
შიდა ქართლის მთავარი სამმართველო;
სამცხე-ჯავახეთის მთავარი სამმართველო;
კახეთის მთავარი სამმართველო;
იმერეთის მთავარი სამმართველო;
სამეგრელოსა და ზემო სვანეთის მთავარი სამმართველო;
აჭარის მთავარი სამმართველო;
გურიის მთავარი სამმართველო.