მონიტორინგის სამმართველო ახორციელებს დროებითი მოთავსების იზოლატორში განთავსებულ პირთა უფლებების დაცვისა და ყოფითი პირობების შემოწმებას, ამზადებს შესაბამის დასკვნებს, ანგარიშებს და რეკომენდაციებს; ახდენს იზოლატორის თანამშრომელთა სამსახურებრივ შემოწმებას, ხოლო ჩატარებული მონიტორინგის შედეგებს წარუდგენს ხელმძღვანელობას ანგარიშის სახით. მონიტორინგის სამმართველო აწარმოებს სტატისტიკას და ახორციელებს მის რეგულარულ ანალიზს; აქტიურად თანამშრომლობს ადამიანის უფლებათა დამცველ სახელმწიფო და საერთაშორისო სუბიექტებთან.